1990年4月,杨永斌空军中将调任军事科学院政治委员,中央军委任命兰州军区空军副司令员郑宝森空军少将为兰州军区空军政治委员。同月,空37师109团1个大队紧急转场至和田场站,圆满完成了空中巡逻任务,有力支援了新疆喀什地区平叛作战。
1990年7月7日,中央军委主席江泽民签署命令,授予常年扎根帕米尔高原,优质安全完成飞行导航及气象保障的空军和田场站红旗拉甫气象导航站“模范气象导航站”荣誉称号。
1992年8月,空军第8飞行学院与第5飞行学院合并,组成新的第5飞行学院,原8飞院番号撤销。
1992年9月30日,驻陕西临潼的空军强击航空兵第45师番号撤销。
1992年10月,空军电讯工程学院撤销,并入总参西安通信学院。翌年7月,重新恢复学院设置。
该年底,兰州军区空军领导机关由榆中县夏官营老营区搬迁至兰州市区焦家湾。
1993年1月,中央军委发布命令,任命兰州军区副司令员兼兰州军区空军司令员孙景华空军中将为南京军区副司令员兼南京军区空军司令员;任命兰州军区空军副司令员马占民空军中将为兰州军区副司令员兼兰州军区空军司令员。
同月,空军乌鲁木齐指挥所改番号为空军第9军,原乌指副司令员曹玉臣空军少将(后任南空副司令)任军长,原乌指政治部主任邓昌友空军少将(现任空军政委)任政治委员;空军西安指挥所整编为副军级的空军西安基地,原西指司令员郭玉祥空军少将(后任济空司令)任司令员,原西指副政委任成深空军少将(后任兰空副政委)任政治委员。
1993年12月,中央军委发布命令,任命兰州军区空军副政治委员臧穗空军少将为兰州军区空军政治委员,免去郑宝森空军中将的兰州军区空军政治委员职务,批准其离职休养。
1994年4月,中央军委发布命令,任命兰州军区副司令员兼兰州军区空军司令员马占民空军中将为北京军区副司令员兼北京军区空军司令员;任命兰州军区空军副司令员刘顺尧(后任空军司令员)空军少将为兰州军区副司令员兼兰州军区空军司令员。
同年10月,刘顺尧调任空军副司令员。中央军委任命北京军区空军副司令员李永德空军少将为兰州军区副司令员兼兰州军区空军司令员。
1996年4月22日,军委空军授予空36师第108团1大队“神威大队”荣誉称号。同年7月10日,授予空军高炮第1团235营6连“精神文明建设好六连”荣誉称号。被誉为“试飞英雄”的空军第6试飞大队大队长邹延龄,7月被空军树为社会主义精神文明建设标兵。
1998年空军精简整编,兰空所属空军歼击航空兵第6师与空军歼击航空兵第47师合并,组建新的空6师,原空47师番号撤销,空6师师部由甘肃临洮迁至宁夏银川。至此,兰州军区空军从航空兵部队规模最鼎盛时期的7个航空兵师精简压缩为3个。
1999年1月,中央军委发布命令,任命兰州军区副司令员兼兰州军区空军司令员李永德空军中将为空军副司令员,任命广州军区空军参谋长马晓天(现任国防大学校长)空军少将为兰州军区副司令员兼兰州军区空军司令员。
同年7月,经中央军委批准,驻西安地区的空军工程学院、空军导弹学院、空军电讯工程学院合并组建空军工程大学,直属空军领导,执行正军级权限,下辖工程学院、导弹学院、电讯工程学院以及理学院。
建国50周年首都国庆阅兵,空36师师长高艾平机组驾驶国产轰-6型轰炸机作为领队长机,率先飞越天安门广场,该师轰-6机群同海军航空兵的轰-6共同组成轰炸机梯队,参加了空中受阅。
年内,驻陕西户县的空军第16飞行学院番号撤销,缩编为空军第2飞行学院西安分院,划归成都军区空军建制领导。

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